Считается, что в средневековье монастырь процветал и оставался действующим как при генуэзцах, так и во времена Крымского ханства, когда Георгиевский монастырь оставался одной из немногих действующих христианских обителей на полуострове. Первое документальное свидетельство о существовании монастыря на мысе Фиолент относится лишь к 1578 году («Описание Крыма» послом Стефана Батория Мартином Броневским).
В 1794 году, когда Крым уже был в составе Российской империи, греческие монахи покинули Георгиевский монастырь, не пожелав перейти в подчинение Русской православной церкви вместо Константинопольского патриархата. После этого обитель перешла под крыло Святейшего Синода.
В начале XIX века монастырь использовался в качестве местопребывания военного духовенства Черноморского флота и назывался «флотским». В 1810—1816 годы обветшавший Георгиевский храм был разобран и заменён на новый, возведённый в стиле классицизма. Тогда же были построены новые кельи, Георгиевский фонтан и трапезная.
В 1820 году Свято-Георгиевский монастырь посетил Александр Пушкин, о чём напоминает установленная в 2011 году близ монастыря площадка-ротонда с памятным знаком. В XIX веке монастырь многократно посещали и русские цари: Александр I (в 1818 и 1825 годах), Николай I (1837), Александр II (1861), Александр III (1893), Николай II (1898). Другие известные посетители Георгиевского монастыря в XIX веке: Александр Грибоедов (1825), Иван Айвазовский (1846), Александр Островский (1860), Иван Бунин (1889), Антон Чехов (1898).
В ходе Крымской войны 1853—1856 годов монастырь был в течение почти двух лет занят англо-французскими войсками, однако здания монастыря от военных действий не пострадали. В 1891 году монастырь отметил своё 1000-летие, в эти же годы были благоустроена территория, отремонтированы здания, а также проложена 640-метровая лестница к монастырю и к берегу моря напротив Георгиевской скалы.
Храм св. великомученика Георгия. Из «Альбома видов Георгиевского Балаклавского монастыря в Крыму» (1891)
В годы Первой мировой войны на территории обители действовал лазарет. При Социалистической советской республике Тавриды в 1918 году монастырь предали раненным. В комиссию охраны города поступило заявление от Севастопольского Союза увечных воинов:
«Товарищи! Союзу увечных воинов перешел Георгиевский монастырь. Туда выбрана комиссия для его приемки и произведения работ по поднятию хозяйства. Экономические условия сугубы — денег пока нет. Отсутствие продуктов тормозит работу, как комиссии, так и наем достаточного количества работающих. Помогайте нам, чем можно, протяните руку посильственной помощи увечным воинам, пролившим кровь за родину».Резолюция новой власти: «15.02.1918 г. Принять к сведению».
После установления советской власти в Крыму, в 1922 году имущество монастыря было национализировано, на его базе был создан совхоз «Георгиевский монастырь», а храмы и ряд построек были переданы общине верующих, в число которых вошли и монахи, по-прежнему проживавшие в стенах обители. В ходе кампании по изъятию церковных ценностей в связи с голодом настоятель монастыря иеромонах Ипполит был арестован и осуждён в 1923 году по обвинению в сокрытии церковных ценностей. В 1927 году наиболее поврежденный в результате землетрясения храм св. Георгия был разобран, как не подлежащий восстановлению. В 1929 обитель была закрыта, монастырские здания были переданы ОСОАВИАХИМу под санаторий, храм Рождества Христова отдали Севастопольскому музейному объединению, в храме Воздвижения службы продолжались до 1930 года. В 1939—1941 годах в монастыре находились военно-политические курсы Черноморского флота. В годы Великой Отечественной войны — курсы для офицеров и медсанбаты. После войны — воинская часть Черноморского флота. Утрачены парк, виноградники и некрополь.
В 1991 году монастырь был возвращён верующим, а 14 сентября 1991 года в честь 1100-летнего юбилея на Георгиевской скале по благословению епископа Симферопольского и Крымского Василия, на средства благотворителя Валерия Черненко был установлен новый, металлический, крест (высотой 7 м и весом 1300 кг) взамен уничтоженного советской властью в 1920-е годы мраморного.
6 мая 1993 года архиепископ Симферопольский и Крымский Лазарь совершил на территории обители Божественную Литургию в сослужении севастопольского духовенства, при участии представителей городских властей и командующего Черноморским флотом вице-адмирала Эдуарда Балтина. 22 июля 1993 года состоялась государственная регистрация устава возрождаемой обители.
27 декабря 1994 года Священный Синод УПЦ благословил открытие Свято-Георгиевской обители. 11 июня 1995 года в день Св. Троицы здесь состоялось первое монастырское богослужение. 2 февраля 1995 года монастырю были подчинены храм святых 12-ти апостолов в Балаклаве и храм святых равноапостольных Константина и Елены в селе Флотском.
В 1997 году в Свято-Георгиевском монастыре были освящены Андреевские флаги ряда воинских частей и кораблей Черноморского флота. 15 ноября 2005 года на краю обрыва над пещерным храмом Рождества Христова установлен памятник св. апостолу Андрею Первозванному. В 2000—2009 годах восстановлен храм св. Георгия.
Настоятели обители после её возрождения30.8.1994—13.9.1996 — игумен Августин (Александр Половецкий, 1955—13.09.1996)
игумен Аристарх (Макаренко)
игумен Савватий (Мызников)
архимандрит Виссарион (Клановец)
Захоронения1840 — граф Витт, Иван Осипович, генерал от кавалерии, герой 1812 года.
1844 — князь Голицын, Александр Николаевич, министр народного просвещения.
1857 — граф Перовский, Василий Алексеевич, оренбургский генерал-губернатор
1890 — Тригони, Николай Иванович, генерал-майор
1894 — Соковнин, Николай Михайлович, вице-адмирал
1896 — Карнеев, Аким Егорович, академик живописи
Платоколокольня (XIX в.)
бывший Воздвиженский храм, ныне библиотека военной части (1850)
часовня на могиле митрополита Хрисанфа (1893)
памятник Пушкину (1952, перенесен из Севастополя в 1983)
памятник св. ап. Андрею Первозванному (2005)
Западная часть террасы2 старинных братских корпуса (XIX в.)
главный братский корпус (XIX в.)
храм св. Георгия (1810—1816; воссоздан в 2000—2009)
трапезная (1838)
пещерный храм Рождества Христова (1892—1893)
часовня Иверской иконы Божией Матери (2000)
источник св. Георгия (1816/1846)
Окрестностинекрополь монастыря
беседка-ротонда с памятным знаком в честь А. С. Пушкина (2011)
развалины дома адмирала М. П. Лазарева
лестница к Яшмовому пляжу (1891)
Георгиевская скала с лестницей и крестом (в море напротив Яшмового пляжа)
Источник